Son but marqué dans les arrêts de jeu permet à son équipe d’arracher in extremis le point du match nul. En Coupe de France, Kondogbia et les siens réalisent un beau parcours avec en point d’orgue la victoire 6-0 contre le RC Lens, alors dans le trio de tête de la Ligue 2. C’est Guingamp, futur vainqueur de la compétition qui sortira les joueurs du Rocher en demi-finale au bout de la prolongation (1-1 ; 3-1 ap p). Il dispute son premier match de Ligue des champions sous le maillot parisien le 8 décembre 2015 lors de la dernière journée de poules avec la réception du Chakhtar Donetsk puisqu’en ayant disputé le tour préliminaire la même saison avec l’AS Monaco, il n’est pas éligible avant la deuxième phase de la compétition avec son nouveau club. Il joue son premier match sous ses nouvelles couleurs le 7 novembre suivant, lors d’une rencontre de championnat face au Cádiz CF. Il distille sa première passe décisive sous les couleurs sévillanes contre l’Espanyol Barcelone lors de la 15e journée (2-2). Il faut attendre, le 28 janvier 2013 et le 21e acte de la Liga pour voir Kondogbia inscrire son premier but en Espagne face à Grenade où il reprend victorieusement de la tête un corner tiré par Ivan Rakitić pour l’ouverture du score (3-0). Ce match est aussi le deuxième de son nouvel entraîneur, Unai Emery, qui a remplacé Míchel deux semaines auparavant et qui titularise pour la première fois le jeune français sous ses ordres.
Revenu en D3 en 1977 puis en D2 en 1980, le club retrouve des couleurs avec à sa tête Marc Braillon ; entre-temps le club est renommé Football Club Association Sportive de Grenoble. 87 328 personnes ayant assisté aux 19 rencontres de championnat de l’AS Monaco au stade Louis-II, l’affluence moyenne du club à domicile est de 4 602 spectateurs. En octobre, il était remplaçant non utilisé dans l’équipe senior du 1860 Munich, et le 27 novembre 2006, à l’âge de 17 ans, il a fait ses débuts professionnels lors du match à domicile contre le TuS Koblenz en 2. Bundesliga. Dans l’autre match le Deportivo gagne trois zéro face à Athènes qui n’a toujours pas gagné un match. Lors de la 34e journée, face à son club formateur, le RC Lens, Geoffrey Kondogbia porte le brassard de capitaine de l’ASMFC pour la première fois et est auteur d’une belle prestation (0-3). Avec quatre victoires en cinq matchs et malgré une défaite face à son plus dangereux poursuivants, l’OM (2-1), le Rocher conserve sa place sur la dernière marche du podium.
Après deux claques consécutives reçues contre Bastia et à Arles-Avignon, l’AS Monaco recevait au soir de la 24e journée, le Stade lavallois. Hormis cela, il est systématiquement titularisé soit en latéral gauche, souvent au profit de Malang Sarr, ou bien dans l’axe pour suppléer l’expérimenté capitaine Dante, blessé à la cheville pour deux matchs lors des 7e et 8e journées de championnat. Geoffrey Kondogbia, bien que très souvent titulaire la saison précédente, devient indiscutable et récupère le no 22, son numéro fétiche, à la suite du départ d’Éric Abidal. ↑ Kondogbia, un air de Keita. ↑ Geoffrey Kondogbia quatre ans à Lens. Malgré une défaite à domicile 0-2 face à Arsenal au retour, maillot as monaco Kondogbia et les siens se qualifient grâce aux buts inscrits à l’extérieur permettant notamment au jeune milieu d’être rappelé en sélection près de deux ans après sa dernière apparition dans le groupe. Pour sa première saison en tant que titulaire, le jeune Geoffrey dispute 37 rencontres et inscrit un but. Remplaçant en début de saison, il connait sa première titularisation le 5 octobre 2012 face au Celta Vigo lors de la 7e journée et une défaite 2-0. Il s’impose comme un titulaire indiscutable à la suite de la déconvenue subie face à l’Atlético Madrid (4-0) lors de la 13e journée de la Liga.
Il reçoit sa première sélection en équipe d’Allemagne le 11 octobre 2016, contre l’équipe de Saint-Marin. En Coupe de la Ligue, Kondogbia et les siens se font sortir en huitièmes par l’Olympique de Marseille, 4-0, après avoir battu Tours puis Evian, pensionnaire de Ligue 1, sur le même score 1-0. Malgré tout, c’est en Coupe de France que le milieu de terrain connaît sa plus grosse déception en se faisant éliminer dès le 7e tour par la petite équipe de l’Entente SSG. À l’aller, le match s’avère être très brutal, marqué notamment par une expulsion côté madrilène (Diego Godín, 55e) et deux côté sévillan (Emir Spahić, 48e et Fernando Navarro, 85e) pour une défaite 2-1, les trois buts ayant été marqués sur pénalty. Cependant à la suite de ce match nul, les deux équipes sont éliminées de la course à la qualification de la CAN 2019 au profit de la Guinée et de la Côte d’ivoire. Après deux sélections, il est convoqué pour les barrages de qualification à l’Euro 2013 face à la Norvège. Après une qualification aux dépens du Celtic Glasgow en Ligue Europa. « C’est une grande satisfaction. Comme la saison précédente, c’est face à un club corse que le jeune milieu de terrain ouvre son compteur, mais cette fois-ci contre le SC Bastia lors de la 11e journée.